Minato Arisato osierocony jako młody chłopiec po latach wraca do miasta swojego dzieciństwa. Niedługo po przeniesieniu do nowego liceum zostaje zaatakowany przez Cienie — stworzenia, które żywią się umysłami swoich ofiar. Szybko odkrywa, że dzieli specjalną zdolność z innymi uczniami w swojej nowej szkole. Od nich dowiaduje się o ukrytym czasie, rojącym się od Cieni. Jest to "Godzina Mroku" która istnieje między jednym dniem a drugim. Dołącza do specjalnego oddziału SEES i wraz ze swoimi nowymi przyjaciółmi stawia czoła zagrożeniu ze strony Cieni.