Rok po inwazji mutantów IAS ludzkość stoi w obliczu zagłady. Rin Samura, pracująca dla Agencji Zaawansowanych Projektów Badawczych Departamentu Obrony, odnajduje Gena Yukimoto, jedynego ocalałego z masakry na wyspie Tsushima. Chłopak odmawia jednak współpracy. Tymczasem siły Samoobrony otrzymują przerażające wieści: IAS przypuściły atak na pozostałe wyspy Japonii.