Desmond wstępuje w szeregi Asasynów. Wraz z nimi rozpoczyna poszukiwania tajemniczego artefaktu, posiadającego przerażające moce. Aby go odnaleźć, przeżywa na nowo życie swojego rzymskiego przodka, Aquilusa.

Śledzony przez Templariuszy, musi znaleźć zdrajcę w swojej własnej grupie. By to zrobić, Desmond ponownie zanurza się w przeszłości. Stawka jest wyższa, niż może sobie wyobrazić.